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WebMO允许用户创建和查看分子的3-D可视化轨道和对称元素，查找化学品的信息和从外部数据库的属性，以及国家的最先进的接入计算化学程序。

WebMO推荐给谁希望移动接入的分子结构，信息和计算的学生和教师在高中，大学和研究生院。

WebMO功能包括：
 - 建立分子通过绘制原子和债券三维分子编辑器，或者讲的名称（例如，“阿司匹林”）
 - 用VSEPR理论和分子力学优化结构
 - 查看休克尔分子轨道，电子密度和静电势
 - 视点组和对称的分子元素
 - 查找基本分子信息，包括IUPAC和通用名称，化学计量，摩尔质量
 - 从PubChem数据库和ChemSpider查找化学数据
 - 查找实验和预测从外部数据库分子性质（NIST，Sigma-Aldrich公司）
 - 查找IR，UV-VIS，NMR和质谱从外部数据库（NIST，NMRShiftDB）
 - 捕捉高分辨率的分子图像
 - 保存和调用本地的分子结构
 - 出口和进口通过电子邮件结构

WebMO也是前端WebMO服务器（版本16和更高）：
 - 支持高斯，GAMESS，MOLPRO，MOPAC，NWChem，ORCA，PQS，PSI，量子咖啡，VASP，Q-CHEM和叮叮计算化学程序
 - 提交，监控和查看计算
 - 从输出文件中提取搜索格式化表格数据，以及原始输出
 - 可视几何形状，部分电荷，偶极矩，简正振动模式，分子轨道，和NMR / IR / UV-VIS光谱

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